2018年发布的北京市PM2.5来源解析研究成果显示，移动源本地排放贡献达到45%，说明进一步加大机动车特别是柴油车的污染治理力度，是今后一段时间内北京大气污染治理的主攻方向。该局抓住大气污染主要矛盾，在2018年安排了对市机动车污染控制情况实施审计。
审计重点关注了2016年和2017年北京市机动车污染控制政策措施执行、财政资金的管理使用及相关项目实施等情况，从市环保局、市交通委等部门收集尾气监测数据、机动车执法数据、新能源车运行数据和相关财政补贴等数据信息，采用“总体分析、发现疑点、分散核查、系统研究”的数字化审计模式和“大数据”分析手段，提高审计效率，挖掘审计成果。通过审计，着力反映了政策制度衔接不够、财政资金结余未及时清算、部分清洁能源环卫车未投入使用等问题。
审计报告得到了市政府的高度重视，市领导要求相关部门以审计整改为契机，切实提高大气污染防治精细化管理水平。针对审计发现的问题，该局已建立审计整改清单，并积极与被审计单位沟通协调，推动整改落实到位。目前，财政资金结余已全部收回，闲置新能源环卫车已全部投入使用，相关政策制度正在积极完善中。
此外，为了落实京津冀协同发展战略相关要求，京津冀三地审计机关签署了协同发展合作框架协议，该局还将于2019年携手天津、河北两地审计机关协同开展京津冀大气污染联防联控政策措施落实情况审计，为京津冀地区共享蓝天白云贡献力量