根据协议，深圳市将支持哈工程在深圳设立“哈尔滨工程大学深圳海洋研究院”。该研究院将围绕“一带一路”、粤港澳大湾区、军民融合发展等国家重大倡议和战略，汇聚双方优势资源，以知识创新为基础，以技术创新为手段，以科技成果转化为突破口，以打造海洋信息与深远海智能装备产业集群为目标，以军民融合为特色，打造市校合作新型创新平台。
该研究院将构建“一体两翼”为基本架构的新型研发机构，即以研究院法人为主体，以“海洋信息获取安全”工信部重点实验室为基础，打造海洋信息科学与技术国家级平台,补足深圳海洋基础研究短板；组建“全球海洋科技成果转化创新中心”，支撑培育海洋高科技战略新兴产业千亿级新增量，服务全球海洋中心城市建设。
